1、跨境电商报税体系不成熟
跨境电商平台单个订单商品数量少、客单金额小、频次高，使得海关监管难度加大，报关报检尚不成熟，国家法律层面的相关政策尚在不断探索过程中，商检、结汇及退税都存在相应的问题，跨境电商供应链售后体验很难得到保障。

2、跨境平台模式重供应链长
受国际跨境电商供应链采购与物流限制，跨境电商平台模式重，跨境供应链长。正常清关的情况下，发货给消费者需要2~25天。如果当次消费产生退款，那么这时候整个流程的周期就加倍变长。

通常，大多数国内的跨境电商网站公司选择自建保税仓或者是海外仓，各种进出仓、报损、调度、退货等等，对跨境供应链系统和库管人员的管理要求较高。

3、跨境网站政策征税影响大
政策对海淘商品的最终价格影响之大毋庸置疑。

以“四八新政”为例，新政实施后，进口商品按“货物”标准征税，取消 50 元免征点，门槛上浮，行邮税大幅上涨，化妆品类商品税率上调至50%。其次，个人海淘商品受限，每人每天最多5单，每单限量5件，限额2000，个人年度交易限值20000。直接导致保税区优势不再，而中小跨境电商网站企业由于很难自建跨境电商供应链系统，面临生存危机。

4、跨境商城货品采购合作难
跨境商城货品采购需要先确定提供货品和服务的供应商，然后和跨境平台供应商建立一套定价、配送和付款流程，将供应商提供的货品和服务同时进行监控和改善。如提货、核实货单、转送货物、对供应商的付款等环节，但商品品控管理无论是买手模式，还是品牌商合作模式，都有容易跌落的“坑”。